京都教区は1881年（明14）にT.S.ティング司祭が紀ノ川沿いに和歌山で、J.マキム司祭が大和地方で伝道活動を開始し、1889年（明22）にはティング司祭に派遣された高橋敬伝道師によって京都での拠点「五条講義所」が作られた。その後富山から新宮までの各地に宣教師や伝道者が派遣され、伝道集会、幼稚園、日曜学校等による宣教活動が始まった。1898年（明31）には京都地方部が成立している。教区は関連施設や青少年活動等を通して、地域に仕えている。2015年度現在で41教会2伝道所、教役者35人、現在信徒数3,020人。
日本聖公会九州教区
九州教区は1859年（安政6）にC.M.ウイリアムズ司祭が長崎に、1869年（明2）にCMSから派遣されたG.エンソー司祭が長崎に上陸した時から始まる。その後、九州各地に伝道が開始され、1894年（明27）には九州地方部が成立した。CMS宣教師のハンナ・リデルが1895年（明28）に熊本県初のハンセン病病院、回春病院を作って治療・療養にあたった。2016年におきた熊本地震では教区が一丸となって被災者支援に取り組んでいる。2015年度現在で18教会2伝道所、教役者14人、現在信徒数1,311人。