1877年にCMSによって設立された後、最初のウガンダ人聖職は1893年に叙任された。その後、ウガンダ・ルワンダ・ブルンジの教会は1961年に独立管区になり、1980年5月にブルンジ・ルワンダ・ザイールが新しい管区を形成した。ウガンダは単独管区として現在34教区から成っている。ウガンダにおける教会の歴史は、暴動と殉教によって特徴づけられている。ミチャナ教区は1977年に西ブガンダ教区から分かれて設立された。現在は68教会区と20伝道教会区に515教会があり、聖職数は102人で468,800人の信徒がおり、その62%は若者である。各パリッシュには多くのカテキスト（伝道師）と信徒リーダー（Lay Reader）によって支えられている。がいるが、600教会の大多数は正式の訓練を受けていないによってリードされている。リーダーシップ・トレーニング、医療活動、教育が教区の最重要課題である。
